De mai a octobre, l'ile vit sous l'influence du Koussi, l'alize soufflant du sud ou du sud-est. C'est la saison seche et fraiche. Les temperatures sont particulierement agreables, oscillant generalement entre 24 et 28 degres. L'air est beaucoup moins humide, les precipitations sont faibles et le lagon offre des conditions idylliques. C'est incontestablement la meilleure periode pour decouvrir Mayotte.

De decembre a avril s'installe le Kashkazi, la mousson du nord-ouest. C'est la saison chaude et la saison des pluies. Les temperatures grimpent souvent autour des 30 a 34 degres, mais la tres forte humidite ambiante donne une sensation de chaleur etouffante (pouvant donner un ressenti proche des 40 degres). Cette periode est marquee par de forts orages et des pluies intenses.

Bien que Mayotte soit generalement beaucoup moins exposee que les autres iles de l'ocean Indien (comme La Reunion ou Madagascar), le territoire n'est pas totalement a l'abri du passage de depressions tropicales ou de cyclones durant cette saison.

La pluviometrie n'est pas repartie de maniere uniforme sur l'archipel. Les precipitations sont souvent plus abondantes sur les reliefs forestiers et les plateaux de Grande Terre que sur la Petite Terre (autour de Dzaoudzi et Pamandzi), qui est plus plate et retient moins les nuages.

Enfin, en raison de sa faible latitude, l'ensoleillement est tres regulier a Mayotte : le soleil se leve tot (vers 6h00 le matin) et la nuit tombe rapidement et d'un seul coup aux alentours de 18h00, offrant environ douze heures de lumiere constante tout au long de l'annee.